A partir de 2009, les établissements publics de santé voient leurs organisations tant fonctionnelles, sanitaires que financières bouleversées notamment par la loi du 21 juillet 2009 portant réforme de l'hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires dite « HPST ».
Depuis 2011, les services de soins de l’EPSM Val de Lys-Artois sont structurés en 5 pôles :
- Le pôle de l’Audomarois qui regroupe les secteurs de Saint-Omer (62G06) et d’Aire sur la Lys (62G07).
- Le pôle du Ternois composé du secteur de Saint-Pol-sur-Ternoise (62G08)
- Le pôle Artois-Lys-Romane qui regroupe les secteurs de Lillers (62G09), de Béthune (62G10), de Bruay-La-Buissière (62G11) et de Nœux-Les-Mines (62G12)
- Le pôle de Psychiatrie de l’Enfant et de l’Adolescent qui comprend les inter-secteurs de psychiatrie infanto-juvénile d’Aire-sur-la-Lys – Lillers – Saint-Omer (62I03) et de Béthune-Bruay-la-Buissière (62I04),
- Le pôle des activités transversales comprenant le Service intersectoriel d’addictologie, la pharmacie, le centre de tri des analyses médicales, l’Equipe Opérationnelle d’Hygiène et les vigilances, les consultations spécialisées, et le Département d’Information Médicale.
Ces pôles ont été constitués afin de respecter une cohérence médicale au regard des activités de psychiatrie de liaison avec les centres hospitaliers de Béthune, de Saint-Omer et la Clinique de la Clarence de Divion (Groupe AHNAC).
Ils ont favorisé la restructuration interne enclenchée au sein de l’EPSM Val de lys Artois depuis 2015. L’établissement a en effet connu une nouvelle réduction de son nombre de lits en hospitalisation complète et compte aujourd’hui 202 lits.
Parallèlement, l’activité extrahospitalière se développe. La psychiatrie s’exerce au plus près des usagers et de leur environnement, sur le territoire de santé. Les partenariats se développent.
Depuis le 1er juillet 2016, l’EPSM Val de Lys - Artois est membre d’un Groupement Hospitalier de Territoire dont font également partie l’EPSM de l’agglomération Lilloise, l’EPSM Lille Métropole et l’EPSM des Flandres.